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Hola.
He subido un ejecutable a un servidor para que se actualice el cliente. Tanto la subida como la bajada del archivo la hago mediante archivos .BAT y comandos FTP. pero cuando lo descargo y voy a ejecutar me dice que no es una aplicación Windows 32 válida. ¿Alguna aclaración al respecto?

Al ser un ejecutable (EXE) su contenido es binario.
Si al hacer el FTP no has definido la clausula BINARY a ON lo mas seguro es que si dentro del EXE encuentra un caracter (octeto) de valor 26 (1A hex), que es el fin de fichero, pare de hacer la trasferencia.

Gracias JM antes que nada.
Efectivamente, era la primera vez que hacia una subida/bajada mediante comandos FTP desde DOS y al final el error lo daba porque no estaba pasando el comando BINARY antes de la transferencia, así que, problema solucionado.
Gracias de nuevo.