Hola Carlos,
Se trataria de que el .jar tuviera dos comportamientos AUTONOMOS:
1º Comando /SELECCIONAR. Como seleccionador de certificado: en vez del numero de orden deberia devolver ¿ el alias ? del certificado. Con esto conseguimos poder hacerle una opción "aparte" para que el usuario pueda configurar qué certificado querrá usar en sus firmas.
java -jar firele.jar /SELECCIONAR
2º Comando /FIRMAR. Es la tarea que viene haciendo hasta ahora. Al firmar se le podria pasar el numero de orden o el alias (preferentemente el alias, si posible, y asi no afectaria el cambio de orden por borrados, si es que afecta que no lo sé, en el almacen de certificados)
java -jar firele.jar /FIRMAR file.xml file.xsig EXPLORER 4
En todo caso la utilización de switches o comandos será irremediable para futuras extensiones.
Soy muy novato en estos asuntos. Ojalá otros compañeros puedan aportar su parecer.
Saludos. Gracias por tu buena disposición a escuchar posibles mejoras.
PD. Para "nota"
seria el comando /BATCH
3º Comando /BATCH. Recibe como parametro de entrada un archivo .txt con la lista de nombres de archivo a firmar .xml. Esto evita hacer multiples llamadas WaitRun(). De este proceso se obtendria otro archivo .txt con los archivos que NO se han podido firmar (no se si cabe esta posibilidad). Los archivos firmados tendrian el mismo nombre que los archivo .xml, pero con extension .xsig
java -jar firele.jar /BATCH file.txt EXPLORER 4