Por si os puede servir de ayuda, aquí os dejo el enlace para que os descargueis esta utilidad para generar instalaciones para PDA.
http://www.ea6dd.com/ftp/bielsys/ppcinst/setup.exe
Este trabajo usa CabWiz y EzSetup para generar ficheros de instalación, y se basa en la documentación que encontre sobre ellos en estos foros (gracias a Pawel y Carles Aubia).
Si os interesa, en mi blog encontrareis una entrada con un comentario más extenso.
http://bielsys.blogspot.com/2008/06/instalador-para-pocket-pc.html