Si, si pueden utilizarse en esas versiones. Lo que ocurre es que algunas funciones del API de Pocket PC no estan en Windows CE.
Lo idóneo es ir probando la aplicación en ambas plataformas a la vez para comprobar que todo va funcionando correctamente, ya que hasta las dimensiones de la pantalla varían, y de ahí el usar determinados tamaños en las cajas de diálogo, etc.